Haanja Mittetäielik Keskkool asutati 1944. aastal Eesti Vabariigi aegsesse Haanja Turistide Kodu hoonesse. Põhjuseks oli Plaani Algkooli hoone purustamine sõja ajal. Plaanil küll remonditi koolimaja ja alustati õppetööd, kuid Haanjas oli õpilaste arv suhteliselt suurem ja kool jäi ka siia püsima. Õpilaste arv on Haanja koolis tema ajaloo kestel kõikunud 100-130 vahel. Koolil puudus aastatel 1944-1964 oma hoone. Tihti tuli jagada ruume turistidega nii, et öösel olid ruumides turistid, päeval õpilased. Klassiruumid olid harjutusruumideks ka rahvamajas töötavatele ringidele. Suvel olid ruumid aga täiesti turistide ja ekskursantide käsutuses. Praegu on maja peremeheks rahvamaja, kes võimaldab ka koolil saali kasutada.
1964. aastal valmis Haanja külanõukogu hoonele juurdeehitus, mis koos vana hoonega anti koolile. Sellest ajast alates on koolil oma põhihoone olemas.
1974. a omistati koolile Kasaritsa vallast pärit revolutsionääri, Ukraina NSV haridusministri asetäitja Jaan Räppo nimi. Haanja kool oli esimene tuntud isiku nime kandev kool tolleaegses Võru rajoonis.
Aastatel 1981-1986 tegutses koolis õpilasorkester Hendrik Juurikase juhtimisel.
1985-2008-aastatel edendas koolis sporditegevust ning kujundas kooli staadioni Harri Neem.
1988. aastal nimetati kool ümber Haanja 9-klassiliseks Kooliks ja alates 1991. aastast sai temast Haanja Põhikool.
1994. aasta sügisel peale kooli 50. aastapäeva tähistamist hakati koolimajale ehitama juurdeehitust, mis valmis detsembris 1996 ning avati pidulikult 15. jaanuaril 1997.
1999. aastal omistati lastevanemate ettepanekul õpetaja Malle Truijale õpetaja Lauri tiitel.
1. septembril 2000 alustas tööd ühine Haanja-Ruusmäe Põhikool, üheksa klassiga nii Haanjas kui ka Ruusmäel. Samast aastast tegutseb koolis edukalt noorkotkaste ja kodutütarde rühm. Ajavahemikus 2000-2014 oli rühmajuhiks õpetaja Maire Nirk. Alates septembrist 2014 on rühmajuhiks Kadri Parts.
2001. aastal avati Haanja koolis treener Laur Lukini käe all suusaklass, mille eesmärgiks on noorte tippsportlaste kasvatamine.
2005. aastal valmis kooli söökla. Samast aastast alates on Haanja kool Tervist Edendav Kool. Aastatel 2005-2009 töötas koolis Võru Muusikakooli filiaalina pärimusmuusikaklass.
2006. aastal valmis kooli juurdeehitusena külmsaal, mida kasutatakse ka spordisaalina.
2007. aastal läks kool üle e-koolile. Samal aastal sai õpetaja Maire Nirk Võrumaa aasta õpetajaks ja Laur Lukinit autasustati elutöö preemiaga.
2011. aastal valmisid koolimaja sööklaosa peale ehitatud lasteaiaruumid ning kool ja lasteaed ühinesid üheks haridusasutuseks nimega Haanja Kool.
2013. aasta emakeelepäeval tunnustati meie kooli Hindätiidmise avvuhinnaga ning uue õppeaasta avapäeval, 2. septembril heisati koolimaja ees võrukeste lipp.
2014. aastal sai õpetaja Triinu Grossmann Võrumaa aasta õpetajaks.
2017. aasta kevadel tunnustati HITSA poolt kooli nelja tärniga kui digitaalselt aktiivset.
2017. aasta sügisel sai õpetaja Triinu Grossmann eTwinningu projektile riikliku kvaliteedimärgi.
Oma ajaloo vältel on Haanja Kool kandnud järgmisi nimesid:
1944 – 1960 Haanja 7-klassiline Kool
1960 – 1974 Haanja 8-klassiline Kool
1974 – 1988 J.Räppo nimeline Haanja 8-klassiline Kool
1988 – 1991 Haanja 9-klassiline Kool
1991 – 2000 Haanja Põhikool
2000 - 2011 Haanja-Ruusmäe Põhikool
2011 - Haanja Kool